In seguito alla caduta dell'Impero Romano d'Occidente, nel 476 d.C., alle invasioni barbariche e all'instabilità politica che resero insicure le campagne, molti si ritirarono in luoghi chiusi e protetti, i castelli e i monasteri, che divennero luoghi di riferimento per la civiltà e la cultura durante il Medioevo.
Anche l'arte dei giardini, come le altre forme della cultura in Europa, venne preservata attraverso queste strutture, laiche e religiose, dove si trovavano due tipologie capaci di racchiudere l'essenza del giardino medievale: quella dell' "hortus deliciarum", giardino paradisiaco fonte di piaceri terreni, frutto della cultura cortese e troubadour, e quella dell' "hortus conclusus", simbolo della Chiesa, in cui si esprimono i principi fondamentali della religione cattolica.

Proprio all’interno dei monasteri, il lavoro della terra e la frequentazione delle opere naturalistiche degli antichi consentirono la coltivazione di spazi accuratamente chiusi o recintati, nei quali si coltivavano tanto piante aromatiche e salutari (e qui il giardino si rivelava fondamentale nella cura del corpo) quanto legumi, ortaggi, alberi da frutto per la mensa comune e fiori per l’altare.

S. Benedetto da Norcia (480 ca.- 547) dettò ai monaci dell’Abbazia di Montecassino, da lui fondata nel 529, la Regula Monachorum, che divenne il codice prevalente e quasi unico della vita monastica in Occidente a partire dall'VIII secolo.
Il monachesimo di S. Benedetto, pur avendo per scopo precipuo l'orazione ed il perenne tributo di lode a Dio, riuscì anche in qualcosa di non espressamente dichiarato nella Regola: la promozione degli studi e, tra di essi, l’arte medica, fino a dar vita a quella forma di scuola, importantissima nella nostra storia, che prende il nome di "medicina monastica". I monasteri benedettini divennero veri centri di studio della medicina: nel silenzio e nel raccoglimento i monaci iniziarono lo studio della medicina dell'antichità, che conobbero attraverso i codici che venivano pazientemente copiati dagli amanuensi. Fu questo il primo segno della rinascita della medicina medioevale, che si distinse subito e nettamente dalla medicina esercitata contemporaneamente dai laici.

Durante tutto l’Alto Medioevo, i tanti monasteri disseminati lungo le grandi vie di pellegrinaggio verso la Terra Santa, si dedicarono all'assistenza dei pellegrini ammalati, oltre che alla costruzione ed alla gestione di altri centri di assistenza (xenodochi) presso i monasteri stessi; conseguentemente si diffusero anche i medici-monaci. Nell’ 805 Carlo Magno ordinò che la medicina, sotto il nome di fisica, fosse introdotta nei programmi regolari di insegnamento. Si registra che il famoso monastero di San Gallo (Svizzera) nell’820 avesse un giardino di erbe officinali, 6 camere per i malati, una Farmacia e un alloggio speciale per i medici. Questo fu forse il primo esempio di ospedale nell’Europa Occidentale.

La medicina monastica basava la “speranza della guarigione” sulla misericordia di Dio e “l'azione dei semplici”. Per “semplice” (in latino medievale “medicamentum simplex”) si intendeva un’erba medicinale o un medicamento fatto con piante medicinali. Nasce così, dentro le mura del monastero, l'orto dei semplici e l'armarium pigmentariorum, il primo per la coltivazione delle erbe medicinali ed il secondo per la loro conservazione nel tempo. Nei monasteri si sceglieva un monaco, particolarmente preparato per queste due attività, che veniva chiamato poi monachus infirmarius in quanto, in nuce, rappresentava, ad un tempo, il farmacologo, il medico e lo speziale di oggi. Al monachus infirmarius era affidato l'armarium pigmentariorum, che rappresenta la primitiva Farmacia monastica. Abbiamo così la prova dell'autonomia di ogni Monastero in quanto poteva disporre di un’attrezzatura primordiale, modesta quanto si voglia, ma idonea, per quei tempi, all'assistenza non soltanto dei monaci malati, ma anche dei pellegrini, dei vecchi e dei poveri che si rivolgevano al Monastero.

Il principio assistenziale ed il nesso povertà-malattia contribuirono, inoltre, alla forma di una medicina monastica, della quale, fino ad oggi, ci sono state tramandate interessanti formulazioni, insegnamenti e pratiche terapeutiche.